Existuje několik různých skvrn, které lze použít k vizualizaci a fotografování DNA po oddělení materiálu od gelové elektroforézy. Mezi mnoha možnostmi jsou tyto pět kmenů nejběžnějším počátkem s nejčastěji používaným ethidiumbromidem. Při práci s tímto procesem je důležité nejen znát rozdíly mezi kmeny, ale i vlastní zdravotní rizika.
01 Ethidium Bromid
Ethidiumbromid je pravděpodobně nejznámějším barvivem používaným pro vizualizaci DNA. Toto barvivo může být použito v gelové směsi, v elektroforézním pufru nebo v barvení gelu po jeho běhu. Molekuly barviva adherují na vlákna DNA a fluoreskují pod UV světlem a ukazují vám přesně, kde jsou kapely v gelu. Navzdory své výhodě je nevýhodou, že ethidiumbromid je potenciální karcinogen, takže se s ním musí zacházet velmi opatrně. Vzhledem k potenciálním zdravotním rizikům při práci s tímto gelem byly nalezeny alternativy. 02 SYBR Gold
SYBR Gold barvivo může být použito k obarvení dvojité nebo jednovláknové DNA nebo k barvení RNA. SYBR Gold byla jednou z prvních alternativ ethidiumbromidu, která se dostala na trh a je považována za citlivější než ethidiumbromid. Barva vykazuje 1000krát větší UV fluorescenci, jakmile je navázána na nukleové kyseliny. Potom proniká tlustými a vysokými procenty agarózových gelů a může se použít v formaldehydových gelech. Vzhledem k tomu, že fluorescence nenavázané molekuly je tak nízká, odbarvení se nevyžaduje. Držitelé licence Molecular Probes také (od založení SYBR Gold) vyvinuli a prodávali SYBR Safe a SYBR Green, které představují bezpečnější alternativy k ethidiumbromidu.
03 SYBR Zelená
SYBR Zelená I a II skvrny (opět prodávána společností Molecular Probes) jsou optimalizovány pro různé účely. Vzhledem k tomu, že se váží na DNA, jsou stále považovány za potenciální mutageny a kvůli tomu by se s nimi mělo zacházet opatrně. SYBR Green I je citlivější pro použití s dvojvláknovou DNA, zatímco SYBR Green II je na druhé straně nejlepší pro použití s jednovláknovou DNA nebo RNA. Stejně jako oblíbená barva ethidiumbromidu tyto vysoce citlivé skvrny fluoreskují pod UV světlem. 04 SYBR Safe
SYBR Safe byl navržen tak, aby byl bezpečnější alternativou k ethidiumbromidu a dalším skvrnám SYBR. Nepovažuje se za nebezpečný odpad a může být obecně likvidován prostřednictvím pravidelných kanalizačních systémů (tj. Do kanalizace), protože testování toxicity naznačuje, že nedochází k akutní toxicitě. Zkoušení také naznačuje, že na genu embrya syrského křeččího embrya (SHE), lidských lymfocytů, buněk myšího lymfomu a v testu AMES existuje malá nebo žádná genotoxicita. Zbarvení může být použito s transiluminátorem modrého světla, který způsobuje menší poškození vizualizované DNA a poskytuje lepší účinnost pro pozdější klonování. 05 Eva Greenová
Eva Green je zelené fluorescenční barvivo, u kterého bylo zjištěno, že inhibuje PCR v menší míře než ostatní barviva. To je velmi užitečné pro aplikace jako kvantitativní PCR v reálném čase. To je také dobrá volba, pokud používáte gel s nízkým bodem tání pro regeneraci DNA. Je velmi stabilní při vysokých teplotách a má velmi nízkou fluorescenci sama o sobě, ale je vysoce fluoreskující, když je vázána na DNA. Bylo také prokázáno, že Eva Green má velmi nízkou nebo žádnou cytotoxicitu nebo mutagenitu.